دولت بشری درمانی برای جهشها ایجاد میکند و ژان گری تبدیل به یک شخصیت تاریکتر غیرقابل کنترل به نام ققنوس میشود که با مگنیتو متحد میشود و باعث تشدید تنش به نبردی همهجانبه برای مردان ایکس میشود.
هنگامی که سرهنگ ضد جهش یافته ویلیام استرایکر پروفسور X را می رباید و به مدرسه او حمله می کند، مردان ایکس باید با دشمن اصلی خود مگنیتو متحد شوند تا او را متوقف کنند.