شهر انسانی صهیون از خود در برابر تهاجم عظیم ماشینها دفاع میکند، زیرا نئو برای پایان دادن به جنگ در جبههای دیگر میجنگد و در عین حال با مامور سرکش اسمیت نیز مخالفت میکند.
مبارزان آزادی نئو، ترینیتی و مورفیوس به رهبری شورش علیه ارتش ماشین ادامه می دهند و زرادخانه مهارت ها و سلاح های فوق العاده خود را در برابر نیروهای سیستماتیک سرکوب و استثمار آزاد می کنند.
وقتی یک غریبه زیبا، هکر کامپیوتر نئو را به دنیای زیرین ممنوعه هدایت میکند، حقیقت تکان دهنده را کشف میکند - زندگی که او میداند فریب دقیق یک اطلاعات سایبری شیطانی است.